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完整的21万公顷湿地、独特的内陆水域环境、原始的芦苇沼泽生境为珍稀鸟类提供了天然的隐蔽所、充分的水源和丰富的食物等生存环境。
扎龙自然保护区现有鸟类260余种，已成为驰名中外的“鸟的乐园、鹤的故乡”。
在扎龙保护区记录的鸟类中，属国家Ⅰ级保护的有东方白鹳、黑鹳、金雕、草原雕、白头鹤、丹顶鹤、白鹤、大鸨8种；
属国家Ⅱ级保护的有：角鸊鷉、赤颈鸊鷉、白鹮、白琵鹭、白额雁、大天鹅、小天鹅、鸢、苍鹰、雀鹰、松雀鹰、大鵟、普通鵟、毛脚鵟、乌雕、白尾鹞、鹊鹞、白头鹞、鹗、燕隼、灰背隼、红脚隼、红隼、灰鹤、白枕鹤、蓑羽鹤、红角鸮、领角鸮、雕鸮、雪鸮、花头鸺鹠、长耳鸮、短耳鸮33种；
属黑龙江省重点保护的有大白鹭、鸿雁、豆雁、小白额雁、灰雁、花脸鸭、赤颈鸭、白眉鸭、琵嘴鸭、青头浅鸭、红胸秋沙鸭、红腰杓鹬、普通夜鹰、黑枕黄鹂、灰喜鹊、鹪鹩、振旦鸭雀等17种；
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白枕鹤（Grus vipio）
国家二级保护鸟类，《世界濒危鸟类名录》中列为全球近危种类，CITES中列为附录Ⅰ。体长127㎝，喙黄绿色，先端稍淡，脚灰红色，虹膜褐色，体羽大多蓝灰，额连颊裸露部分赤红，耳羽灰、喉、前劲上部、枕与后颈白，初级飞羽黑，次级飞羽灰，三级飞羽白，翼上覆羽淡灰，前劲下部及下体暗灰。栖息生境及习性、食性与丹顶鹤相似。在扎...
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蓑羽鹤(Grus virgo)
国家二级保护鸟类。体长100㎝，为最小的鹤类，喙黄绿色，先端橙红，脚灰黑，虹膜赤色，头、颈、上胸蓑羽灰黑，头顶淡朱黑，耳羽簇白，飞羽端部灰黑，三级飞羽甚长，垂近地面，余羽蓝灰。栖息于草原、沙滩及近水草地。食草嫩芽、种子、谷物、软体动物、昆虫、鱼、虾、两栖类等。筑巢于草甸或盐碱地。
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灰鹤(Grus grus)
国家二级保护鸟类。体长105㎝，喙青灰色，先端乳黄，脚灰黑，虹膜赤褐，通体灰，头裸部朱红，疏被黑须羽，面颊至颈侧灰白，喉、前颈及后颈灰黑，初级飞羽和次级飞羽黑，三级飞羽端略黑，弯弓状，尾端黑褐。栖息于沼泽、草原、沙滩及近水丘陵。主食水草嫩芽、种子、谷物、软体动物、昆虫、鱼、虾、两栖类，筑巢于湿地。
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白鹤（Grus leucogeranus）
国家一级保护鸟类，《世界濒危鸟类名录》中列为全球濒危种类，CITES中列为附录Ⅰ。体长135㎝，喙橘黄色，脚浅肉红色，虹膜黄白色，除初级飞羽和小翼羽黑色外，余羽皆白，头前半部除少许白羽外，全部裸露朱红。栖息生境、生态习性与丹顶鹤相似。
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白头鹤（Grus monacha）
国家一级保护鸟类，《世界濒危鸟类名录》中列为全球依赖保护种类，CITES中列为附录Ⅰ。体长97㎝，喙黄绿色，脚铅黑，虹膜暗红色，头与大部分颈白色，额与眼先密生黑须羽，头顶前裸部朱红，劲下部以后石板黑，飞羽比体羽色深，三级飞羽弯弓形，羽枝松散。栖息于河口、湖泊、沼泽水域，在林间湿地繁殖，以鱼类及水生、陆生无...
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丹顶鹤（Grus japonensis）
丹顶鹤为国家一级保护鸟类，《世界濒危鸟类名录》中列为全球易危种类，CITES中列为附录Ⅰ。体长150㎝，喙灰绿，尖端稍淡，脚铅黑，虹膜褐色，全身大部分白，头顶裸部朱红色，眼先、脸颊喉及劲侧黑色。白耳羽有宽白色带延伸至颈背，次级和三级飞羽均黑，三级飞羽长而弯曲，覆于白尾上，栖息于沼泽湿地，鸣声嘹亮，在苇塘中...
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雁和鸭
雁和鸭都是体形比较肥胖的游禽，栖息于湖泊、水塘以及苇丛中的明水面。共同的特点是都有一张扁平的喙，在喙上着生有角质化的像梳子一样的突起。这两类鸟都很常见,与人类的关系也非常密切。家鸭和家鹅就是分别由绿头鸭和鸿雁驯化而来的。
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大麻鳽(Botaurus stellaris)
体长约75cm的金褐色及黑色喙，头侧金色,其余体羽多具黑色纵纹及杂斑,飞行时俱褐色横斑的飞羽与金色的覆羽及背部成对比。习性隐蔽，喜欢藏于高的芦苇中并在其中筑巢。有时被发现后就地凝神不动，嘴垂直上指。数量比较少，属于国家二级保护鸟类。
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苍鹭(Ardea cinerea)
休长约90cm的白、灰及黑色的鹭，冠羽黑色，成发辫状，飞羽、翼角及两道雄斑黑色，头、胸及背白色，颈具黑色纵纹，其余灰色。苍鹭的体色以灰色为主，这是野外识別的重要特征。苍鹭的巢有两种，一种是树巢，一种是地巢。草鹭Ardea purpurea
体长约90cm的灰、棕及黑色的鹭，也有成发辫状的冠羽，颈棕...
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大白鹭(Egretta alba)
体长约 95cm的白色鹭，喙较厚重，喉部有明显的扭结。大白鹭体形接近鹤类，但除了蓑羽、粉髯、飞羽等明显特征外，与鹤类最明显的区别在于它们在飞行时总是缩着脖子，这也是鹭类一个共同的特征， 因此当地也有人把它们叫做"缩脖佬"。
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东方白鹳(Ciconia boyciana)
国家一级保护鸟类，《世界濒危鸟类名录》中列为全球濒危种类，CITES中列为附录Ⅰ。体长为105㎝，喙黑，脚红，虹膜白，眼周皮肤红色，飞羽黑，次级飞羽外胛内侧初级飞羽大都银灰，小翼羽和肩羽局部或全部黑，余部白。栖息于沼泽湿地，筑巢于高大乔木，以鱼类和水生无脊椎动物为食。
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小天鹅(Cygnus columbianus)
国家二级保护鸟类，体长120㎝，羽色同大天鹅，但稍小，喙基黄斑前缘达鼻孔下。
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大天鹅(Cygnus Cygnus）
国家二级保护鸟类。黑龙江省省鸟。体长155㎝，喙、脚黑，虹膜暗棕，喙基有大片蓝色，前达鼻孔下，全身雪白，仅头沾棕黄，头颈长于躯体。栖息于大型湖泡、沼泽等广阔水面，多从水下取食植物根茎，也吃草籽、水生昆虫和其他无脊椎动物。营巢于沼泽岸边和苔草飘垡上。
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白额雁（Anas aibifrons）
国家二级保护鸟类。体长67㎝，喙肉色，喙甲近白，飞羽黑褐，
基后缘具白横带，头、后颈暗褐，羽缘近白，飞羽黑褐，尾和后腹白色，头侧、前颈及上胸灰褐，向后渐淡，腹部有不规则黑斑。栖息于沼泽芦苇塘中，以莎草和禾本科植物的嫩叶为食，亦食草籽及谷粒。在扎龙自然保护区为旅鸟，数量较少。
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白琵鹭（Platalea leucorodia）
国家二级保护鸟类。CITES列为附录Ⅱ。体长为86㎝，喙、脚黑，嘴端黄，虹膜暗黄或暗红，喙形直，前端平扁呈板勺状，体羽白色，眼与嘴基黑斑之前有一条黑线，夏羽冠羽和上胸黄色，冬羽全白，冠羽变小。筑巢于芦苇沼泽，常与苍鹭、草鹭等混群。
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白鹮（Threskiomis melanocephalus）
国家二级保护鸟类。CITES列为附录Ⅲ。体长为75㎝，喙拱形，喙和脚黑，虹膜褐色，体白色，夏羽三级飞羽末端和最长肩羽灰黑，喙下前部有深红裸区。主要食小型鱼类和水生昆虫，地面营巢。
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大鸨（Otis tarda）
国家一级保护鸟类。体长：雄100㎝，雌75㎝，是草原上体型最大的飞鸟。喙灰色，先端稍黑，脚暗灰，虹膜暗褐色。雄鸟头颈淡灰，上背以后棕、黑横斑相杂，大覆羽白，中小覆羽灰，端斑白，三级飞羽白，余飞羽黑褐，羽基白，喉白，两侧具胡须状硬羽。
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